2020-02-17
春節，中(zhōng)華民族傳統佳節，新那中冠肺炎突如(rú)其來，一場抗擊疫情的大行動(dòng)就此展開。疫空樂情發展趨勢如(rú)何，病毒感染機理是什麼，有效的治療藥白可物在哪裡，這是一場科學與時間、與死神的賽跑。作為國家重大科技基礎筆市設施，國家超級計算深圳中(zhōng)心第一時間為各科研院所、科研項目提供技劇和術(shù)支持，确保為藥物篩選、病毒突變研究、疫苗研發、精準防控等視頻工作提供強大的算力支撐，保障各項研究順利開展。在這場戰“數費疫”中(zhōng)，深圳超算同仁用堅守和(hé)擔當，書寫着抗疫的點知低點滴滴。
刻不容緩，為疫情開辟緊急通(tōng)道
1月(yuè)24日本是安樂(yuè)祥和(hé)的除夕，和(hé土秒)大多數單位一樣，超算中(zhōng)心森費已經轉入假日模式運行。當天中(zhōng)午，中(就紅zhōng)山大學藥學院羅海彬教授來電，詢問(wèn)深圳超算是否可(kě)能哥年擠出部分計算資(zī)源。羅教授已經輾轉了好幾個(gè)車日超算中(zhōng)心，需求太緊迫，臨時調度都有困難。深圳超算中(zhō化我ng)心主任馮聖中(zhōng)當機立斷，任務重大、需求迫切，先盡量擠出資(z笑家ī)源，無償優先支持羅教授，抵抗新冠肺炎的藥物篩選和(hé)病毒突變預測，刻不器長容緩。
短(duǎn)短(duǎn)一個(gè)小時務朋内，應用推廣部和(hé)系統運行部的工作人員迅不飛速協調、響應，優先調度出400個(gè)節點的資(zī)源，并通(tōng)過綠色通(tōng)道快速審批日時，立即開通(tōng)了高性能計算賬号和(hé)資(zī)書明源，供羅教授團隊免費使用。藥物篩選作業(yè)即刻進行。
雖是大年夜，有工作人員為了保障計算任務順利進行，連夜趕回中影開(zhōng)心現場辦公。為進一步加快運算速度，深圳超算還可弟考慮到可(kě)能存在新的需求，馬上通(tōng)過互聯動靜網向國内所有同行發出緊急請求，與合作夥伴著綠協商(shāng)，調度了曙光昆山的DCU資(zī)源和(hé)商(shāng)湯公司的GPU資(zī)源，迅速組建應急工作組，為藥物篩選和(hé)病毒突變預測的研究朋見“保駕護航”。在過年的這數十天裡，應用推廣部每日跟裡短進羅教授團隊在各個(gè)平台的資(zī)源使用情況，系統光學運行部及時提供計算資(zī)源占用情況，對賬号他能進行維護，保障項目順利推進。
“藥物有很多，以前用我們自己的計算機，可身師(kě)能要篩選兩年，有了深圳超算，有望在兩到五天做完這些事情，對我行河們來說是非常重要的支持。”目前，羅教授的研究已經取得了初步進展書白——用FEP方法對mpro靶點篩選出30個(gè)候選藥物，已将藥物推薦給武漢的醫院做臨床使用，藥效待進一步驗證。
協調多方，為戰“疫”一線提供後援力量
深圳市第三人民醫院是深圳新冠肺炎的定點收治醫院，是疫情防控的第一遠理線。2月(yuè)3日，深圳超算接到來自市第三人民醫院的需求，需要計我科算資(zī)源和(hé)技術(shù)支持，用于新冠肺炎肺部免疫店鐵機制的研究、病毒進化溯源以及同源建模和(hé)分子(zǐ麗吃)對接等工作。接到任務後，應用推廣部第一時間聯系了市藍匠第三人民醫院院辦和(hé)其肝病研究所，對新冠肺炎病毒研究工作進行服風了深入的需求讨論。當天，技術(shù)支持工作群便組分刀建了起來。系統運行部核實中(zhōng)心資(zī)源情況後，應用推廣部為暗些市第三人民醫院申請了免費的首批400核計算資(zī)源，并協調預留了近千核時視懂的計算資(zī)源，随時響應相關(guān)研究的新增需求。
同時，在得知市第三人民醫院的老師(shī)需要用到Sybyl X軟件進行蛋白建模模拟工作後，高性能計算部的博士後主動(dòng)聯系對方，生門商(shāng)讨具體實驗方案及可(kě)行性，并測試火嗎了軟件的運行情況，為老師(shī)提供手冊和(hé)腳本，協助其計算。
除了為市第三人民醫院提供計算資(zī)源和(錯呢hé)技術(shù)支持，應用推廣部還積極聯絡了深圳超算的戰略合作坐答夥伴——德國斯圖加特超算中(zhōng)心，詢問(wèn)關(guān章鄉)于病毒蛋白結構相關(guān)的研究經驗。通(tōng)下能過溝通(tōng)，了解到德國埃爾朗根超算中(zhōng)心有博士具有相國光關(guān)經驗，可(kě)為市第三人民醫院的研街子究提供外援，共同進行研究。
在過去的一個(gè)月(yuè)裡，應用推廣部主動(dòng)聯著了系高性能計算用戶和(hé)關(guān)于抗擊疫情作商可(kě)能相關(guān)的研究單位，包括深圳灣實驗室、廣東醫科大學、榮之是制聯科技公司等，盡可(kě)能地為開展疫情相關(guān)的研究工作提供支撐。站體
組隊作戰，保障疫情抗擊研究順利開展
分離(lí)病毒株、篩選藥物、預測疫情拐點……當一低鄉線醫院忙着救治患者時，全國各地的科學工作者同時也在為防控疫情提供解決方案。去學深圳大學高等研究院的A老師(shī)便是其中(zhōng)之一。
遠(yuǎn)程辦公第一天，高性能計算部接到兒到了A老師(shī)的技術(shù)協助請求——下(xià)載被用于武漢女一新冠肺炎藥物篩選的病毒庫，并對病毒庫進行切割電視和(hé)合并等數據預處理工作。高性能計算部迅速窗低把人員劃分成五組，從常規商(shāng)用網絡、教育内網、海看你外等途徑獲取數據，并完成預處理工作。最終僅耗時24小時便完成了數據交付。系統運行部把A老師(shī)的病毒庫從公共軟件安裝目錄拷貝醫雪到了其賬号下(xià)，并将A老師(shī)賬戶存儲限額提高到1T。随後幾天，應用推廣部的同事跟進了A老師(shī)的資(zī)源使用情況，就在數據交付的第二天資鄉，A老師(shī)已經開始進行篩選工作。通(tōng)過三個(gè)部門的森什通(tōng)力合作，保障了科研項目的順利推進。
開展攻關(guān)，積極投身新冠肺炎應急專項
科技是戰勝疫病最強有力的武器(qì)。習近平總書記多次強調，要加大科研攻關但都(guān)力度，為疫情防控提供強大科技支撐。為車哥解決新冠肺炎早期檢測、治療以及防控中(zhōng)的做家問(wèn)題，深圳市科創委啟動(dòng)了“新型冠狀病毒感染的肺炎應急防治”應急科研攻關(guān)專項項目。深圳超算作為國家重大科技基礎設施，影愛一方面主動(dòng)為抗疫相關(guān)工作提供算力支撐，另一黑日方面也積極與多方合作，開展科研攻關(guān)工畫大作。
2月(yuè)以來，應用推廣部先後牽頭與市疾控中(zhō睡暗ng)心、鵬城實驗室、深圳市第三人民醫院、山東城公大學、中(zhōng)科院深圳先進院、第四範式、員術真碼科技、源興基因、藍網科技等數十所單位商(shāng)量申報應急專項事見放宜，确定申報方向及分工内容。目前，相關(guān)從下工作已有進展。深圳超算和(hé)相關(guān)單位合作電兵，正在推進“基于人工智能技術(shù)的新型冠狀病毒疫苗研發”項目、“大數老刀據驅動(dòng)的新型冠狀病毒肺炎精準防控模拟系統研發與應用”影那項目。與第四範式、真碼科技等相關(guān)合作正在積極推進，将城照第四範式“先知”系統用于疫情防控中(zhōng)。
新型肺炎疫情已造成愈千人死亡，感染人數仍在不斷上升。面對疫情的蔓延，深圳超算各和嗎部門分工協作，各司其職，用快速響應、主動(dòng)參與、積極協調的姿态在這場就老戰“疫”中(zhōng)發揮力量，書寫抗疫日記。深圳超算已經提供千萬級的科服免費機時、和(hé)有關(guān)單位合作啟長刀動(dòng)包括疫情時空大數據分析、病毒東門溯源、疫苗設計、藥物設計等近十個(gè)科紙討研項目，部分已經獲得初步成果并上報。
争做重大科研成果的創造者、建設科技強國的奉獻者、崇高思想品格的踐行者、秒報良好社會風尚的引領者，深圳超算力争為打赢疫情防控阻擊戰喝鐘作出更大貢獻。
